Atualmente a SEP aguarda a publicação do edital de licitação para dragagem dos portos de Aratu e Salvador, que estão previstos para 30 de setembro deste ano e 1º semestre de 2009 respectivamente. A secretaria já trabalha na obra de recuperação do cais do Porto de Ilhéus, que deverá ser concluída em 2  meses. A ampliação da Ponta Norte, com a instalação de um porteiner para desafogar a operação de contêineres, a modelagem de dois armazéns do terminal turístico e a construção de uma estação de tratamento de resíduos também estão dentro dos projetos para o complexo portuário baiano