A Secretaria Especial de Portos da Presidência da República (SEP/PR) foi criada por meio da Medida Provisória n° 369 de 07 de maio de 2007. Após aprovação pelo Congresso Nacional, o Presidente Luiz Inácio Lula da Silva sancionou, em setembro daquele mesmo ano, a Lei 11.518 que consolidou o funcionamento da SEP/PR e o novo modelo de gestão do setor portuário com a revogação das leis, decretos-lei e dispositivos legais diversos.

        A criação da Secretaria Especial de Portos é um dos momentos mais ricos de toda a história portuária do país, comparado, inclusive, à abertura dos portos as nações amigas, em 1808. A SEP/PR surge como reflexo da prioridade atribuída pelo Governo Federal ao setor, que movimenta anualmente 700 milhões de toneladas das mais diversificadas mercadorias e responde por aproximadamente 90% do comércio exterior brasileiro. A criação do novo órgão tem, entre os seus objetivos, colocar os terminais portuários brasileiros no mesmo patamar de competitividade dos mais eficientes do mundo, reduzindo assim o “Custo Brasil".

        Entre as atribuições e competência da Secretaria está a formulação de políticas e diretrizes para o fomento do setor, além da execução de medidas, programas e projetos de apoio ao desenvolvimento da infra-estrutura portuária, com investimentos orçamentários e do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC). Compete ainda à SEP/PR a participação no planejamento estratégico e a aprovação dos planos de outorgas, tudo isso visando assegurar segurança e eficiência ao transporte aquaviário de cargas e de passageiros no país.

        Já quanto às metas estabelecidas pela Secretaria Especial de Portos, destaca-se a elaboração do Plano Nacional Estratégico dos Portos – PNE/PORTOS, que vai priorizar investimentos públicos e viabilizar o conceito dos portos concentradores e alimentadores,  tendência operacional verificada mundialmente.

        Além disso, a consolidação dos marcos regulatórios do setor, buscando estimular a livre iniciativa e atrair mais investimentos privados, desonerando as cargas tributárias no âmbito das áreas alfandegadas e a disponibilização dos serviços públicos portuários, conforme previsto em lei, promovendo um modelo de gestão pautado por resultados previamente definidos também figuram como objetivos da SEP/PR.